A HYDRA egy globális szintű szervezet, így nem meglepő, hogy mindenhol vannak bázisai, több központja. Hamar rájöttek a vezetők, hogy nem centralizálhatják a rendszert, mert ha a központ elpusztul, akkor minden befagy és meghal, a rendszerek megállnának, így aztán a HYDRA rengeteg alközpontra bomlik, amik majdhogynem függetlenek egymástól, csak egy tanács és egy hálózati vonal, ami összeköti őket, ezzel behálózva az egész világot is.
Amerika
Nemezis akadémia: Kiképző helyszín.
Elhelyezkedés: Ismeretlen
Régen: a világháborúk idején funckiója nem volt több, mint dokkoló bázis és raktár.
Most: A 2000-es évek elejétől indult meg a felújítása és fejlesztése, mellyel körülbelül elnyerte mostani kinézetét is. Szerepköre most teljesedett ki igazán, ahogy a HYDRA képzése több rétegű lett, és leginkább az alapképzésnek ad otthont. Ámbár a komolyabb beavatkozások nélküli specializációk is itt folynak le. A legtöbb HYDRA katona világszerte itt fordul meg, ámbár a hadtestek jelentős százaléka amerikai.
Jellemzők: modern, környezetbarát, saját terminálok biztosítják az energiát. A múltnak köszönhetően hatalmas a földalatti kiterjedése is, melynek egy része továbbra is a raktár szerepét tölti be - fegyverek, járművek.
USA főhadiszállás: A mag, a központ. Bár a HYDRA nem teljes egységben működik, a legjelentősebb center az Amerikában található. A legtöbb adat ide fut be, hisz itt található több vezető is, és maga Sinthea is.
Jellemzők: Nem túl magas épület, mely látszatra egy egyszerű irodaház, azonban annál komplexebb a több szárnyával, szerver telepével, mely nem messze található és föld alatti kiterjedésével is. Több ezer ember dolgozik benne éjt-nappalá téve, valaki akár be is költözhetett, ha másutt nem akart lakni, vagy éppen nem volt választása. Óriási az átmenő forgalom rajta - hadipar, közlekedés, információ, emberek, technológia, stb.
USA kutatóintézet: A német laborok utáni elsődleges gócpont a kutatásokban és kísérletekben.
Régen: börtönként funkciónált.
Most: Átalakításon esett át, hogy kellemesebb legyen mindenféle program helyszínéül. Azonban a kísérleteknek is otthont ad, minden egyes tesztalanynak és azoknak, akikben potenciális lehetőség rejlik. Minden Programnak megvan a maga helye és az utána lévő lábaló betegeknek is.
Jellemzők: Kellemes kórház, kegyetlen tébolyda, mindent a sikerért, itt az ember is csak egy patkány, akit megfigyelnek, hogyan reagál a szerekre, ha pedig sikeresen, akkor kincsként őrzik, hogy ha megerősödnek, a Nemezisbe tudják őket küldeni. De vannak a különleges esetek, akiknek a saját kis színterük még épülés alatt áll.
Németország: a második világháború óta ez a HYDRA szíve, még ha éppenséggel Natasha szúrása kegyetlenül szíven találta, de a sérülésből újra kilábalt. Több kutatóintézet és gyár is helyet foglal, melyre a HYDRA rátette a kezét, vagy éppen a sajátja volt, csak egy kicsit át kellett telepítenie. Leginkább adja az embereket és a technológiát, rengeteg fejlesztés itt történik, egy jól bejáratott helyen. Noha sok tag a világ minden pontjáról érkezett, mégis a legtöbbet beszélt nyelv a központban a német.
Részegységei: - Zemo palotája - Tarantula - Torony - Fussen
Európa többi pontja:
Anglia - Hydra palota
Svájc,
Sokovia ...
Olaszország - Omega Pont
Ausztrália és Ázsia: Ázsia jelentősége a történelemből következik, miszerint a HYDRA itt is megfordult. Ezen kívül Kína az olcsó munkaerővel, jó gyártási lehetőségekkel kimondottan a szervezet hasznára van, míg Japánból szívják el a tudósokat. A japán precizitás világhírű, miért ne lehetne keverni a némettel és amerikaival valami még tökéletesebb fejlesztésre? Legújabban a HYDRA most Indiában ügyködik és annak környékén, hogy onnan aztán a háborgó nemzeteket összefogja.
Részegység: - Japán - Korona bázis - gazdasági és fejlesztési központ
Ausztrália jelentősége sokkalta kevesebb, kiaknázatlan lehetőségeknek szolgál színpadul sajnos az éghajlata miatt, noha a domborzata miatt nem egy apróbb raktár is helyet foglal a kis kontinensen.