A HYDRA egy titkos szervezet, melynek gyökerei nem éppen a közelmúltban találhatóak, hanem sokkal régebben, méghozzá Egyiptom 3. dinasztiái idején, vagy legalábbis alakulása ide köthető. Ennek nyoma csak egy-két feljegyzésen és falirajzon található meg, nem több.
Vannak mondák, amik szerint ennél is régebbi a HYDRA, mely nem is földi eredetű, hanem űrlények érkeztek még régen, és indítottak támadást. E mítosz szerint Imphotep serege verte vissza őket egy számig és ezt a sereg a SHIELD első „alakulata”.
A HYDRA lassan kezdett kiépülni, nem különösebben volt nagy létszámú a csoport, de az a szűk emberszám stabilan megvolt. Hatalmat akartak dönteni, legfőbb céljuk ez volt, az akkori uralkodót leváltani, és hogy ők kerüljenek Egyiptom csúcsára.
Ezek után eltűntek, nem szűntek meg létezni, megőrizték titkosságukat, és szépen szövögették a saját hálóikat. Még Kína volt az az ország, ahol megjelentek.
Ugyan az információk igen kevesek, de sejteni lehetett, hogy a HYDRA élt, tovább működött, utódról utódra szállt, egészen a Reneszánsz idejéig, mikor megszűnt minden nyom. Azt lehetett hinni, hogy a szervezet végleg kihalt, elpusztult és már csak a történelem őrzi. De ez sem pont így volt…

A nagy visszhangot a második világháború hozta meg. Pontosabban Johann Shmidt és Dr. Arnim Zola (és Wolfgang von Strucker báró). A most ismert HYDRA az ők kezük munkája, feltámasztották hamvaiból a haldokló lényt, és többé tették, mint egy maroknyi ember. A szervezetnek már nem csak a hatalom megszerzése lett a cél, hanem annak stabil megtartása hosszútávon, amit egy emberként nem  lehet végbe vinni. Tucatszámra toboroztak embereket, akik valóban fejet hajtottak, és voltak, akik meg könnyed manipulálás áldozatai lettek. Valljuk be, a HYDRA sosem játszott tiszta kézzel. A hirtelen kiscsoport több ezer főre növekedett meg, és ezzel még nem volt vége.
Johann Shmidt Hitler egyik embere volt, akin először tesztelték a szuperszérumot, ettől vörös. Emiatt nevezték Vörös Koponyának. Németországot akarta kiemelni, és a többi országot a náci hatalom alá gyűrni, ennek érdekében Zolával a Tesseract erejét próbálták transzformálni. Azonban Johann később szétválasztotta a HYDRAt és Németországot, ő csakis előbbi uralmát akarta, saját magát vezetőnek helyezni a világ fölébe.
A sztori innentől már ismerős, miszerint Steve Rogers, aka Amerika Kapitány hogy győzte le Vörös Koponyát, aki aztán egy másik dimenzióba portálódott.
Fájdalmas szúrás volt ez a HYDRAnak, azonban nem jelentette a véget, mert mindenki elfeledkezett Zoláról, aki kereste a Hydrásokat, és építgette, szövögette tovább álmait. Így lett a HYDRA az, ami. Fennmaradt, ott élt a SHIELDben tovább, miközben az egész világon megjelentek a hű képviselői.
1970-es években, Zola teste meghalt, de a HYDRA addigra megalapozta magát újra. Következő évtizedekben világszerte összehangolt válságok gyökereihez volt köze a szervezetnek, ki tudományosan és politikailag is tevékenykedett. A HYDRA végcélja a világ kormányainak megdöntése volt, egy fasiszta,  globális állam létrehozása; így elővigyázatosan kiküszöbölik az új világrendjük potenciális veszélyeit.  A szervezet  tagjai az S.H.I.E.L.D. széttagolt tagjai, valamint a már megszokott tagoktól született gyermekek, akiket gyermekkoruktól éltek a HYDRA létesítményekben. A toborzást egyelőre még nem kezdte meg a szervezet ekkor. Vigyáztak magukra, nehogy rés legyen a páncélon.

Az elkövetkező nagy jelenség Barnes megjelenése volt, mikor Alexander Pierce volt az amerikai HYDRA vezetője, ki túl sokat akart. A 20. század végére a HYDRA szövetségeseinek sikerült terjedniük az SHIELDen kívül is, és számos fontos szervezetbe bejutott, köztük az Egyesült Államok kormányába és a Világ Biztonsági Tanácsába, végül számos titkos bázis hoztak létre az egész világon. John H. Garrett, az SHIELD egyik HYSTRA vezető ügynöke titokban vezette a Centipede projektet azzal a céllal, hogy újrateremtse a szuper katonákat. 2014-ben a HYDRA világuralomra vonatkozó tervei majdnem sikerültek Alexander Pierce révén, csakhogy Steve Rogers megint a képbe került. Lerántották a leplet a SHIELD és a HYDRA kapcsolatáról és Natasha közétette az interneten.
A szervezetet ért támadás nagy rombolást végzett, a HYDRA árnyéka lett önmagának, de nem végeztetett be. Strucker báró és egy maroknyi hű tag megtartotta sokszínűségét, és még megfontoltabban álltak neki a jövőnek. Még egy ilyen nem történhet meg velük. Új terveket írt a globális uralomra, olyan terveket, amelyekben az ikrek "csodákat" és a jogart jelentettek.

Csakhogy Strucker meghalt, a szokóviai bázis szinte megsemmisült. A HYDRA eltűnt, bőrfelszín alá süllyedt, de nem szűnt meg létezni. Új vezetője Sinthea Shmidt lett, Johann Shmidt lánya. A HYDRA egyik aranykora Johann ténykedése alatt történt, vajon az utód is képes lesz pont felemelni a szervezetet úgy, hogy apja hibáit nem követi el? A történelem nem ismételheti meg önmagát.  
A HYDRA új korszakba lépett, ahogy régen, hogy erőt és információt gyűjt megint, hogy aztán a világnak majd megmutatkozhasson.